Философское учение Сковороды, изложенное в его диалогах и трактатах, исходит из идеи трёх "миров": макрокосма, или вселенной, микрокосма, или человека, и третьей, "символической" реальности, связующей большой и малый миры, идеально их в себе отражающей; её наиболее совершенный образец есть, по Сковороде, Библия. Каждый из этих миров состоит из "двух натур": видимой ("тварь", сотворённый мир) и невидимой ("бог"). В обнаружении невидимой натуры через видимую состоит, по учению Сковороды, основная проблема человеческого существования, которая решается в подвиге самопознания, в обнаружении "внутреннего", "сердечного", "единого" человека. Бог понимается не только как заинтересованная в человеке личность, но и как безусловное условие реальности, безличная и умозрительная "форма", законоустрояющая "материю", что даёт возможность говорить о тенденции Сковороды к пантеизму. При постоянном интересе к библейской проблематике для Сковороды характерно и напряжённое внимание к античному философскому наследию (прежде всего, традиции платонизма). Этический пафос, воспринятый из ветхо- и новозаветных книг, сочетается с пропагандой принципов стоической морали. Эта двойственность симпатий отражена и в стиле философских сочинений Сковороды, где пророческие интонации причудливо уживаются с приёмами сократического диалога. В истолковании Библии Сковорода придерживается символического метода александрийской школы (Ориген, Климент Александрийский). Видимо, через Оригена Сковорода воспринял и античное представление о безначальности и бесконечности тварного мира.