Сочинения Прокла тесно связаны с его преподавательской деятельностью. Основу его наследия составляют комментарии к сочинениям Платона, Аристотеля и Плотина, а также собственные трактаты. Прокл составил введение к философии Аристотеля, комментарий к Введению Порфирия и к логическим сочинениям Аристотеля (Категории, Герменевтика, Аналитики), ко всем основным диалогам Платона, входившим в школьный курс платоновской экзегезы (т.н. «канон Ямвлиха»), из них дошли целиком или частично комментарии к Алкивиаду, Кратилу, Государству, Тимею и Пармениду. Прокл написал также толкования отдельных мест из Гомера и Гесиода, а также Орфическую теологию и Согласие между Орфеем, Пифагором и халдейскими оракулами. Составил комментарий к Плотину, а также начальное руководство к платоновской философии. Ряд небольших трактатов Прокла посвящен отдельным проблемам – промыслу, року, существованию зла и т.п. Свод основных понятий и методов физики (собственно, аристотелевского учения о движении) и неоплатонической метафизики представляют собой Начала физики и Начала теологии. Одним из самых значительных собственных произведений Прокла является систематический труд Теология Платона.