Фуйе считал своей философской задачей объединить при помощи «метода примирения» в рамках одной системы плодотворные идеи различных концепций – от древности до современности, чтобы достичь таким образом синтеза философского знания. Для его метафизики характерно представление о всеобщей одушевленности материи (гилозоизм), противостоявшее механистическим идеям его времени. Стремясь преодолеть спиритуалистический дуализм, Фуйе развивал теорию «идей-сил» (idées-forces), т.е. сознания-действия: любая идея, с его точки зрения, есть одновременно причина и усилие, она несет в себе способность реализации действия и тем самым есть его начало. Идеи, таким образом, – динамические факторы, оказывающие существенное влияние на естественные события и на ход исторического и культурного развития. В то же время, с его точки зрения, в духовных процессах важную роль играет воля. Фуйе известен также как исследователь массовой психологии, автор работ о душевном своеобразии европейских народов, в особенности французов. Его взгляды оказали влияние на развитие философской мысли во Франции, в частности на концепцию его приемного сына Мари Жана Гюйо (впрочем, влияние здесь было взаимным).