Филон, воспитанный на эллинской культуре, увидел истины греческой философии за текстом Пятикнижия. Его философская система теоцентрична. Бог рассматривается как истинное бытие, – здесь очевидна связь с платонизмом, однако главным источником для Филона прежде всего является библейское «Аз есмь сущий». Он строго различает сущность Бога и его существование, и развивает в связи с этим как негативную (апофатическую), так и положительную теологию: о том, что существует Бог-творец, всякий человек может заключить из созерцания порядка природного мира; но познание божественной сущности лежит за пределами разума человека. В своей сущности Бог непознаваем, неименуем, неопределим и невыразим. Согласно Филону, высшее Божество – Иегова Пятикнижия Моисея – абсолютно трансцендентный миру «Сущий Бог», превыше Блага, Единого (или Монады). Оставаясь трансцендентным, Бог связан с космосом как его творец и провиденциальный управитель. По Филону, два главных имени Иеговы – «Бог» и «Господь» – указывают на две соответствующие этому силы: первое обозначает его творящую силу, второе – его власть. Учение о божественном логосе призвано объяснить, каким образом Бог связан со всем, что не есть он сам. Совместно с Софией («матерью всего сущего») и Справедливостью, трансцендентный Бог порождает Сына и свое самое совершенное творение – Логос-Слово, которое является «инструментом» творческой мысли бога, «местом», где расположены идеи. Именно Логос-Слово творит духовный и материальный мир и человека, благодаря его активности идеи-логосы создают мир.